Kardinal Del Monte kupio je vilu 26. novembra 1596. godine, a uselio se mesec dana kasnije. Verovatno je Karavađo slikao tavanicu sledećih meseci. Njegov pokušaj da slika uljem na gipsu na tavanici je bila Del Monteova ideja inspirisana freskom Poslednja večera Leonarda da Vinčija. Kardinal je prodao vilu porodici Ludovizi 1621. godine, i ona je bila ponovo dekorisana.
Kardinal Del Monte je verovao da sve prirodne stvari mogu da budu podeljene na osnovu trijade elemenata - sumpora i vazduha (Jupiter), žive i vode (Neptun) i soli i zemlje (Pluton). Karavađo je naslikao alegoriju alhemijske trijade Paracelzus - Jupitera, Neptuna i Plutona. Svaki lik je identifikovan sa po jednom životinjom: Jupiter orlom, Neptun vodenim konjem, i Pluton troglavim psom Kerberom. Jupiter dopire do nebeske sfere u kojoj se Sunce okreće oko Zemlje. Na svom orlu Jupiter iznenada pada prema Neptunu i Plutonu, koji su na suprotnoj strani tavanice, osvetljavajući nebo sa kristalnom loptom. Jupiter lebdi između svoja dva brata, manipulišući nebeskim globusom koji sadrži Zemlju, Sunce i zvezde, da bi postigao povoljne astrološke uslove za proces koji se naziva Veliki rad, jer tri elementa mogu da budu transformisana u filozofski kamen, koji je eliksir života.
Prema jednom ranom biografu, Mikelanđelo Merizi da Karavađo je hteo da pokaže likovnim kritičarima, koji su tvrdili da on ne shvata perspektivu, da tri figure na slici pokazuju najdramatičnije skraćivanje glavnog dela koje se može zamisliti. One bi takođe mogle da protivreče da je Karavađo uvek slikao žive modele.
Filozofska implikacija slike Jupiter, Neptun i Pluton je da upravljanjem elementima, a samim tim materijalnim svetom čovek takođe može da kontroliše svoj sopstveni duh. Svako tumačenje okupljanja bogova izgleda neobično, jer je između mitologije, astrologije, alhemije, i čak hrišćanske doktrine spasenja. Ova slika je jedan neobičan umetnički rad koji se ne može svrstati ni u jedan stil u umetnosti.
