Ep Izgubljeni raj ima snažnu i kompleksnu strukturu. U najširem smislu ep je oblikovan trodijelno, a svaki deo se sastoji od 4 pevanja. U kompoziciji epa Džonu Miltonu je najveći uzor staroklasični ep, ali ga on ne oponaša potpuno, već unosi i svoje misli i obogaćuje ga mnogim motivima i idejama iz drugih uzora i vlastitog iskustva.
Temu Izgubljenog raja, prema uvodnim stihovima epa, Milton definiše kao istoriju "o čovekovom prvom sagrešenju i plodu onog zabranjenog drveta, čiji je kobni ukus doneo pomor u svet i sav naš jad".
Radnja u epu Izgubljeni raj se odvija u četiri velika nivoa paklu, nebu, raju i svetu posle pada. Ep počinje opisom palih anđela i Satane, bačenih u jezero sa lavom u paklu, posle pobune protiv nebeskih sila. U inat Bogu oni odlučuju da unište njegovu decu, Adama i Evu. Druga dva pevanja opisuju nebo i raj na Zemlji u kojima dominiraju svetlost, bujna priroda i nevina ljubav. Bog razgovora sa sinom i kaže da zna da će Satana da iskuša ljudski rod i da će Adam i Eva jesti plod sa zabranjenog drveta. Zato on šalje anđela Rafaela da razgovara sa Adamom i Evom i upozori ih na Satanu. Ali, Satana se vraća za nedelju dana u raj pretvoren u zmiju i ubeđuje Evu da jede zabranjeni plod, a ona kasnije ubeđuje Adama. Peto i šesto pevanje opisuju rat na nebu i u njima dominira ratničko-romantička atmosfera. Sedmo i osmo pevanje predstavljaju mešavinu raznih motiva. Kao rezultat greha Adama i Eve koji su pojeli zabranjeno voće, vrata pakla su sada širom otvorena za greh i smrt na zemlji. Satana se vraća u pakao i trijumfuje, ali on i njegovi anđeli su zbog njihovih zlih dela pretvoreni u zmije. Bog kažnjava Adama i Evu proterivanjem iz rajskog vrta, a pre nego što odu iz raja šalje im anđela Mihajla da Adamu pruži viziju budućnosti. Tu se ističe hrišćanski paradoks "felix culpa", što u prevodu sa latinskog jezika znači srećna krivica. Kraj je srećan jer izaziva dokazivanje božanskog milosrđa u inkarnaciji Isusa Hrista, a Adamu i Evi njhov greh daje znanje i slobodu, a sa time i potpunu ljudskost.
