Freska Pokolj nevinih prikazuje događaj iz Novog Zaveta. Jevrejski kralj Herod dogovorio se sa tri sveta kralja, da mu jave gde se nalazi novorođeni Isus Hrist. Bog se ukazao kraljevima u snu i poručio im, da odu kući bez povratka Herodu, što su i učinili. Shvativši da se kraljevi neće vratiti, i plašeći se da će ga Isus Hrist zbaciti sa prestola kada poraste, naređuje svojim vojnicima da ubiju svu mušku decu do dve godine u Betlehemu i okolini. Vojnici su to i izvršili. Isusa nisu uspeli da pogube, jer je anđeo na vreme u snu poručio Svetom Josifu da sa Devicom Marijom i Isusom pobegne u Egipat.
Freska Pokolj nevinih prikazuje osavremenjen događaj iz jevanđelja i preseljen iz Palestine u Toskanu XIV veka u tipičan prostor srednjovekovnog grada. Dve građevine u tipično toskanskom romaničkom stilu definišu prostor u odnosu na pozadinu kobaltno plavog neba koje zamenjuje zlatne pozadine vizantijskih ikona.
Đoto raspoređuje likove unutar ograničenog prostora, a plastičnost tela naglašava naborima odeće. Desno je prikazana grupa žena koja oplakuje svoju ubijenu decu. Njihova lica odražavaju izbezumljenost. U sredini je dželat koga odlikuje neverovatna izražajna snaga. On otima dete iz ruku majke, ali zastaje u svom okrutnom činu da bi povećao bolnu zebnju od pokolja. Vojnik iza njega otima dete od majke surovo. Ispred vojnika koji stoje je gomila leševa dece.
Crtežom koji pojednostavljuje forme i čini ih čitljivim i sa udaljenosti, Đoto di Bondone snažno dočarava tragediju nasilja. Tako freska Pokolj nevinih postaje univerzalni protest protiv nasilja.